Magistrát působí v mnoha budovách na různých místech v Praze, jeho ústředním sídlem je však budova Nové radnice na Mariánském náměstí na Starém Městě. Budova pochází z let 1908-1911 a byla postavena podle původního návrhu významného secesního architekta Osvalda Polívky, tyto plány byly ještě v průběhu stavby několikrát dále upravovány. Budovu zdobí sochy a plastiky Stanislava Suchardy, Josefa Mařatky a Ladislava Šalouna.