Baskytarista Scott Thunes se věnuje hudbě od svých deseti let, kdy začal navštěvovat hudební oddělení College of Marin. Vedle studií byl také členem nesčetné řady kapel, což mu pomohlo vytříbit techniku hry, a to v rozličných žánrech od klasické hudby, přes jazz, rock, fusion, avant-garde, novou vlnu, punk, až k popu. Absolvoval náročný konkurz do kapely Franka Zappy, který vyhrál a získal angažmá jako vokalista, basista a hráč na syntezátory. U Franka Zappy působil od roku 1981 do roku 1988.
Když odešel z Frankovy kapely, začal spolupracovat s Dweezilem Zappou. Scott je nechvalně známý mezi Zappovými fanoušky jako ten, který zapříčinil rozpad kapely v roce 1988, což však sám popírá.