Das Orchester entstand 1994 auf Initiative des Dirigenten Jiří Bělohlávek (1946–2017) unter dem Namen Prager Kammerphilharmonie und ist in seinen 25 Jahren des Bestehens ein im In- und Ausland anerkannter Klangkörper geworden.
Seit ihrer Gründung trat die PKF – Prague Philharmonia mit einer ganzen Reihe weltberühmter Dirigenten und Solisten auf: Christopher Hogwood, Robert McDuffi, Martha Argerich, Emmanuel Pahud, Daniel Müller-Schott, Sarah Chang, Luciano Pavarotti, Anna Netrebko, Plácido Domingo, Magdalena Kožená und viele andere.
Das Orchester wird regelmäßig zu internationalen Musikfestivals eingeladen (BBC Proms, Dresdner Musikfestspiele, MITO Settembre Musica, Prager Frühling), spielte über 90 CD-Aufnahmen für führende tschechische sowie internationale Musikverlage ein und erhielt für seine Aufnahmen eine Reihe von Auszeichnungen: die Goldene Platte der RAC Canada 2000, Harmonie 2001, Diapason d´Or und Nominierungen (International Opera Awards, International Classical Music Award). Im August und September 2018 erschien seine neue CD mit dem Chefdirigenten Emmanuel Villaume und dem Pianisten Andrew von Oeyen mit Werken von Ravel, Debussy und Bizet.
Von 1994 bis 2005 wurde die PKF – Prague Philharmonia von ihrem Gründer geleitet, dem tschechischen Dirigenten Jiří Bělohlávek (1946–2017), der später zum Ehrendirigenten ernannt wurde. Weitere Dirigenten waren Kaspar Zehnder und Jakub Hrůša. Seit der Spielzeit 2015/16 leitet das Ensemble der französische Dirigent Emmanuel Villaume.
PKF tritt regelmäßig mit weltbekannten Dirigenten und Solisten auf und hat mehr als 90 CDs für renommierte internationale und inländische Musikverlage aufgenommen. Das Orchester macht auch Konzertreisen ins Ausland, so etwa in Länder Asiens (Japan, Taiwan) und Europas (Belgien, Frankreich, Italien, Deutschland, Österreich, Niederlande usw.) und tritt fast jedes Jahr auf Festivals wie dem Internationalen Musikfestival Prager Frühling, Smetanova Litomyšl, Festival Český Krumlov, Musikfestival Lednice-Valtice oder St. Wenzels-Musikfestival Ostrava auf. Zu den ausländischen Festivals zählen das Brucknerfest in Linz, das Bratislavaer Musikfestival, Les Musicales de Colmar und das Murten Classics Festival.