Im Mittelpunkt der Dauerausstellung Topographie des Terrors. Gestapo, SS und Reichssicherheitshauptamt in der Wilhelm- und Prinz-Albrecht-Straße stehen die zentralen Institutionen von SS und Polizei im Dritten Reich sowie die von ihnen europaweit verübten Verbrechen. Entlang eines Tafelbandes, das überwiegend Fotomaterial präsentiert, sowie thematisch zugeordneter Pulte mit Dokumenten (Faksimiles) werden die Besucher durch die Themen der fünf Hauptkapitel geführt: Die nationalsozialistische Machtübernahme (I); Institutionen des Terrors (SS und Polizei) (II); Terror, Verfolgung und Vernichtung im Reichsgebiet (III); SS und Reichssicherheitshauptamt in den besetzten Gebieten (IV) sowie Kriegsende und Nachkriegszeit (V). Der Bereich der Vertiefungen enthält EDV-Stationen und Lesemappen und bietet Informationen, die thematisch zum Teil auch über die Ausstellung hinausgehen.
In der Ausstellung selbst kommen, zurückhaltend eingesetzt, einige Ton- und Filmdokumente hinzu. Überdies bieten die Medienstationen die Möglichkeit, mithilfe von Überblendungen verschiedene historische Entwicklungsphasen sowohl zeitlich als auch räumlich zu verdeutlichen: Karten mit Standorten von Leitstellen der SS und Polizei sind hier ebenso zu finden wie Karten mit ausgewählten Verbrechensorten sowie eine Darstellung des nationalsozialistischen Konzentrationslagersystems als zentrales Element des Terrorsystems des Dritten Reiches.
Die Ausstellung ist zweisprachig (deutsch und englisch).