Muzeum POLIN jest punktem odniesienia dla wszystkich zainteresowanych dziedzictwem Żydów polskich oraz znakiem dokonującego się przełomu we wzajemnych stosunkach Polaków i Żydów. Sto tysięcy Żydów przyjeżdżających corocznie do Polski znajdzie w nim najważniejsze informacje, które pozwolą im świadomie kształtować własne plany podróży do miejsc rodzinnej historii. Istnienie muzeum ma za zadanie wspomóc rozwój tożsamości żydowskiej wśród odradzającej się wspólnoty Żydów polskich, a jednym z jego zadań jest wspieranie inicjatyw lokalnych i ogólnokrajowych, podejmowanych w demokratycznej Polsce, aby na nowo przemyśleć doświadczenie współżycia obu społeczności. Program muzeum jest swego rodzaju punktem wyjścia dla debat zarówno na temat jasnych, jak i ciemnych kart polsko-żydowskiej przeszłości.