Główna ekspozycja wnętrz zamkowych obejmuje kilka pomieszczeń parteru, a przede wszystkim reprezentacyjne sale na II piętrze pałacu.
W trzech komnatach na parterze, stanowiących apartament wielkorządców krakowskich, zachowały się renesansowe drewniane stropy. Kamienne portale zostały w części zrekonstruowane w okresie międzywojennym; oryginalne, renesansowe, obramienia drzwiowe zdobią zaś sień w klatce schodowej Poselskiej, łączącej parter z prywatnymi apartamentami królewskimi na I piętrze i salami II piętra.II piętro pałacu w skrzydle wschodnim i północnym mieści reprezentacyjne sale. Pierwotne stropy zostały zniszczone w czasie pożaru zamku w roku 1702 i w okresie okupacji austriackiej, na początku XIX wieku. W trzech salach, na południe od schodów Poselskich, zachowały się duże partie renesansowych fryzów ściennych (uzupełnione przed II wojną światową), a strop wielkiej sali zwanej Poselską zadziwia 30 rzeźbionymi głowami ludzkimi. Najcenniejszym elementem ekspozycji renesansowych komnat, jedynym zachowanym z ich pierwotnego wystroju, są arrasy, utkane w Brukseli na zamówienie Zygmunta Augusta w 3. ćwierci w. XVI, o tematyce biblijnej, bądź z ornamentem groteskowym oraz z herbami Polski i Litwy. Są tu również dużej wartości artystycznej obrazy i meble włoskie, głównie toskańskie, z w. XVI oraz portrety polskich monarchów.