Ekspozycja muzeum opowiada historię Pawiaka jako więzienia politycznego w zmieniających się warunkach historycznych oraz ludzi z nim związanych. Cała wystawa składa się z kilku ekspozycji dotyczących różnych okresów funkcjonowania Pawiaka. Integralną część ekspozycji stanowi zrekonstruowany w 1965 r., niemal w całości korytarz więzienny byłego oddziału VII, według zachowanych w AGAD planów Henryka Marconiego oraz 5 cel, w tym kwarantanny i celi śmierci.