Strefa Eksperymentowania to centralna ekspozycja Kopernika, mieszcząca się w ogromnej, otwartej przestrzeni pierwszego piętra. Poświęcona jest przyrodzie i zachodzącym w niej zjawiskom oraz człowiekowi i ludzkiej percepcji świata fizycznego. Można tu samodzielnie eksperymentować przy około 200 stacjach doświadczalnych. Eksponaty, które tu można znaleźć są nie tylko ambitne i kształcące, ale także przystępne i wciągające. Pozwalają na poszukiwanie, testowanie, popełnianie błędów. Z największą precyzją prezentują zjawiska naturalne, które można odkrywać i badać w toku interakcji. Każdy eksponat dostarcza nowych bodźców i jednocześnie wiedzy, do której można się odnieść przy następnej stacji. Grupy eksponatów prezentują dane zjawisko z wielu stron, co sprzyja lepszemu zapamiętywaniu i rozumieniu złożonych procesów. W części poświęconej człowiekowi i przyrodzie sam gość wystawy staje się przedmiotem zaskakujących eksperymentów. Może sprawdzić, jak jego zmysły i umiejętności pozwalają odbierać, interpretować i opisywać świat. Przetestować możliwości własnego ciała, wrażliwość na światło, postrzeganie kolorów, podatność na iluzje. Przekona się, co czuje, leżąc na „Łożu fakira, i czy jest w stanie kierować samochodem po alkoholu. Dowie się też, jak wygląda w przekroju pień sekwoi. Będzie mieć możliwość obserwowania organizmów żywych i zmian, jakim te organizmy podlegają. Na własne oczy zobaczy fotosyntezę, przyjrzysz się stułbiom i rozrastającym się grzybom. W części skupiającej zjawiska fizyczne znaleźć można eksponaty związane z falami, prądem, płynami czy zjawiskami chaotycznymi.